25 maja 1925 r. władze państwowe powołały szkołę wyższą, która otrzymała nazwę Wyższego Studium Handlowego (WSH). Pierwszej uroczystej inauguracji roku akademickiego dokonano 1 października 1925 r. Moment ten uważany jest za początek dzisiejszego Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie.
Na uczelni prowadzono trzyletnie a z czasem i czteroletnie studia na kilku kierunkach. Wykładowcami byli w większości profesorowie Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Górniczej (dzisiejsza AGH). Początkowo korzystano z lokalu przy ul. Kapucyńskiej 2, po kilku latach udało się wznieść własne budynki przy ul. Sienkiewicza.
1 września 1938 r. Wyższe Studium Handlowe zaliczone zostało do szkół akademickich, otrzymując nazwę Akademia Handlowa (AH). Na pierwszego rektora został wybrany Arnold Bolland, założyciel WSH. Akademia posiadała nadal status uczelni prywatnej i utrzymywała się z opłat studenckich. Po najeździe hitlerowskim AH została zamknięta, a jej profesorowie - razem z wykładowcami Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Górniczej - podstępnie aresztowani i wywiezieni do obozu koncentracyjnego. Budynki zaś zajęte przez władze okupacyjne, wyposażenie w dużej części zniszczone. Niewielka część studentów korzystała nadal z zajęć i zdawała egzaminy dzięki podjęciu potajemnego nauczania przez profesorów, którzy wrócili z obozu koncentracyjnego.
Po wyzwoleniu spod okupacji niemieckiej, Akademia Handlowa wznowiła działalność ciesząc się napływem bardzo licznych kandydatów na studia. Początkowo realizowano program przedwojenny i od 1945 r. zaczęto nadawać absolwentom tytuł magistra nauk ekonomiczno-handlowych. Jednakże w nowej rzeczywistości politycznej nie mieściła się uczelnia prywatna. W 1950 r., w okresie intensywnego wprowadzania przez władze komunistyczne wzorów sowieckich, Akademia Handlowa została upaństwowiona. Nadano jej nazwę Wyższej Szkoły Ekonomicznej, kształcącej na trzech wydziałach: Planowania Przemysłu, Handlowym i Finansowym (od 1954 r.: wydziały Przemysłu, Handlu, Towaroznawstwa). Wprowadzono nowe programy nauczania zgodne z ideologią marksistowską i nastawione na wąskie wykształcenie branżowe. Usunięto niektórych dawnych profesorów a zatrudniono nowych wykładowców, często nieposiadających odpowiedniego przygotowania naukowego ( z tytułem zastępcy profesora). W 1952 r. nastąpiło przeniesienie siedziby Uczelni do gmachu dawnego schroniska dla chłopców Fundacji Aleksandra Lubomirskiego przy ul. Rakowickiej 27.
Przemiany polityczne w państwie w 1956 r. (,,polski październik") spowodowały, dzięki przywróceniu większych swobód, podniesienie WSE na wyższy poziom nauczania i badań naukowych. W 1958 r. w miejsce Wydziału Przemysłu powołano Wydział Ogólnoekonomiczny z myślą o bardziej pogłębionym i szerszym profilu studiów. Przywrócono nadawanie stopnia naukowego doktora ( w miejsce naśladującego wzory rosyjskie - tytułu kandydata nauk).
W 1959 r., po zaostrzeniu warunków stawianych szkołom wyższym, Wyższa Szkoła Ekonomiczna przekształciła się w Szkołę jednowydziałową o nazwie Wydział Produkcji i Obrotu Towarowego z trzema kierunkami studiów: ogólnoekonomicznym, handlowym i towaroznawczym. W 1968 r. w środowiskach akademickich całej Polski nastąpiły manifestacje studenckie w obronie swobód obywatelskich zapisanych w konstytucji ("wydarzenia marcowe"). Studenci krakowskiej WSE wzięli w nich czynny udział. Władze państwowe odpowiedziały represjami wobec niepokornych studentów i wykładowców oraz rozpętaniem nagonki antysemickiej. Wtedy też z naszej Uczelni usunięty został dr hab. Edward Łukawer, ekonomista o komunistycznej orientacji politycznej, który nie krył swego żydowskiego pochodzenia. W całej Polsce nastąpiły obostrzenia w swobodzie działalności naukowej i samodzielności szkół wyższych. Zmiany organizacyjne w WSE polegały na utworzeniu - w miejsce katedr - większych jednostek (instytutów) i podziału Uczelni na dwa wydziały: Ekonomiki Produkcji i Ekonomiki Obrotu.
Niezależnie od tego następował rozwój Uczelni: wzrastała liczba studentów, oddawano do użytku nowe budynki dydaktyczne, wprowadzano sprzęt informatyczny. W 1974 r. zmieniono nazwę WSE na Akademię Ekonomiczną, a w 1975 r. obchodzono nadzwyczaj uroczyście 50- lecie jej powstania. Nawiązano wówczas do tradycji uczelnianych i zasłużonych dla niej osób, m.in. przywracając barwy uczelniane i czapki studenckie, nadając niektórym salom imiona zmarłych profesorów itp. Wydarzenia 1980 r. odbiły się bardzo wyraźnie na życiu Akademii Ekonomicznej. Znakomita większość pracowników AE poparła powstanie NSZZ ,,Solidarność", studenci zrzeszeni w nowo powstały NZS włączyli się do ogólnopolskich działań (strajki studenckie), a wiosną 1981 r. odbyły się demokratyczne wybory, przez przedstawicieli całej społeczności akademickiej, władz rektorskich i dziekańskich. Wprowadzenie stanu wojennego w grudniu 1981 r. przebiegło w AE spokojnie (nikt z pracowników nie został internowany), dalsze reformy zostały jednak zahamowane, jakkolwiek nie zdołano już cofnąć pewnych wywalczonych swobód akademickich.
Transformacja ustrojowa w 1989 r. i przejście na gospodarkę rynkową otworzyło przed AE nowe zadania i możliwości szybkiego rozwoju. Uruchomiono nowe kierunki studiów cieszące się wielkim zainteresowaniem. Gwałtownie wzrastała liczba studiujących oraz następowały zmiany organizacyjne. Statut AE obowiązujący od 1992 r. przywracał katedry (na miejsce instytutów) w strukturze trzywydziałowej. Wydział Ekonomii (od 2003 r. Ekonomii i Stosunków Międzynarodowych), Wydział Zarządzania, Wydział Towaroznawstwa (początkowo jako instytut na prawach wydziału). W 2002 r. utworzono czwarty Wydział Finansów. Ukończono budynek Biblioteki Głównej i wzniesiono dwa nowe pawilony dydaktyczne z obiektami sportowymi.
Na wniosek Senatu AE z 2005 r. 6 lipca 2007 r. Sejm Rzeczypospolitej uchwalił ustawę nadającą Akademii Ekonomicznej w Krakowie nową nazwę: Uniwersytet Ekonomiczny w Krakowie.
W lipcu 2015 r. Senat UEK pozytywnie zaopiniował wniosek o utworzenie Wydziału Gospodarki i Administracji Publicznej. Funkcjonuje on od października 2016 r., jako piąty wydział Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie.