Proces naukowo-dydaktyczny realizowany jest nie tylko na Wydziałach, lecz także w innych jednostki wchodzące w skład struktury organizacyjnej Uczelni. Do takich jednostek, zakwalifikowanych jako międzywydziałowe, należą Studium Języków Obcych i Studium Wychowania Fizycznego. Studium Języków Obcych powołane jest w celu prowadzenia zajęć dydaktycznych z języków obcych, zgodnie z obowiązującymi w Uczelni programami nauczania i planami studiów na poszczególnych kierunkach. Poza tymi zadaniami realizować może zadania związane z prowadzeniem kursów językowych. Studium Wychowania Fizycznego i Sportu ma za zadanie prowadzenie zajęć dydaktycznych z zakresu wychowania fizycznego oraz rozwijania różnych form kultury fizycznej wśród studentów i pracowników Uczelni.

Proces dydaktyczny Uczelni realizowany jest także w Zamiejscowych Ośrodkach Dydaktycznych. Powoływane są one do prowadzenia działalności dydaktycznej poza siedzibą Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie. Działalność tych Ośrodków związana jest z realizacją procesu dydaktycznego Uczelni. Studia odbywają się zgodnie z programami i planami kierunków studiów i specjalności, obowiązującymi w Uniwersytecie Ekonomicznym w Krakowie.

Do pozawydziałowych jednostek organizacyjnych Uczelni należą m.in.: Krakowska Szkoła Biznesu i Małopolska Szkoła Administracji Publicznej. Zostały one powołane głównie do prowadzenia studiów podyplomowych, a także kursów dokształcających, szkoleń i innych form kształcenia z uwzględnieniem zasady samofinansowania. Do grupy jednostek pozawydziałowych należą też: Ośrodek Badań Europejskich im. Józefa Retingera powołany  w celu prowadzenia badań nad procesem integracji europejskiej oraz rozpowszechniania wiedzy w tym zakresie oraz Ośrodek Międzynarodowej Współpracy Naukowej, którego celem jest wspieranie działalności Uczelni oraz jej poszczególnych jednostek organizacyjnych i pracowników w realizowaniu prac naukowych, badawczych i rozwojowych oraz projektów dydaktycznych w ramach współpracy międzynarodowej.

Trzonem systemu biblioteczno-informacyjnego Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie jest Biblioteka Główna. Pełni ona funkcję ogólnouczelnianej jednostki organizacyjnej działalności podstawowej o zadaniach usługowych, dydaktycznych i naukowych. Ma charakter publicznej biblioteki naukowej i stanowi ogniwo w ogólnokrajowej sieci bibliotecznej i informacyjnej.